Die Na’vihaut ist haarlos (bis auf das Haupthaar und die Schwanzspitze) und enthält Cyanin, ein Pigment, welches Farben von Türkis über Blau bis Violett erzeugt. Na’viblut ist rot, und verwendet eine Eisenverbindung ähnlich dem Hämoglobin, um Sauerstoff zu transportieren. Die Interaktion des Hautpigments mit dem Blutfluss unter der Hautoberfläche erzeugt die charakteristischen blauen und violetten Schattierungen der Na’vi-Hautfarbe. Die dunkler pigmentierten Hautmuster variieren stark, sind aber im Allgemeinen Bänder und Streifen aus dunkleren Blautönen auf einem Feld aus helleren Blau- und Türkistönen. Je länger die Haut Sonneneinstrahlung ausgesetzt ist, desto dunkler wird das hauteigene Pigment und geht ins Violette über. Das Pigment nimmt an den Handflächen, den Fußsohlen und der Innenseite des Ohrknorpels an Konzentration und Dichte ab.
Alle Na’vi haben einen langen Greifschwanz. Er dient dem Erhalt des Gleichgewichts, indem er als bewegliches Gegengewicht dient, um den Schritt im Rennen zu balancieren, und hilft bei Richtungswechseln. Der Schwanz dient auch als soziales Signal für emotionale Zustände, ebenso wie die Ohren. Einige Unterarten der Na’vi können ihr Körpergewicht an ihrem Schwanz aufhängen, die Na’vi in der Region von Hell’s Gate können dies jedoch nicht. Es wurde indes beobachtet, dass sie die Spitze des Greifschwanzes benutzen, um sich beim Klettern an Ästen und Lianen festzuhalten und um so ein Abstürzen zu verhindern oder abzufedern.
Der Na’vi-Schädel ist im Vergleich zum menschlichen Kopf-Körper-Verhältnis verhältnismäßig klein und zeichnet sich durch hohe Wangenknochen, Katzenohren und eine hervorstehende Mund-Nasen-Partie aus. Der Hals ist doppelt so lang wie der eines durchschnittlichen Menschen und kann sich eulenartig um fast 180 Grad drehen.
Die Augen der Na’vi sind groß und für die nächtliche Jagd geeignet. Das Auge ist vom Volumen her viermal so groß wie das eines Menschen und die Iris bei den meisten Na’vi goldfarben bis grünlich-gelb. Im Wasser lebende Na’vi haben grüne oder blaue Augen. Die Pupillen reflektieren nachts grünes Licht, was auf eine Schicht von Licht verstärkenden Zellen in der Netzhaut zurückzuführen ist. 
Die Augen sind, wie bei den meisten Raubtieren, nach vorne gerichtet, um binokulares Sehen zu ermöglichen. Es ist bekannt, dass die Na’vi Stereopsis (räumliches Sehen) auf einer viel feineren Ebene als das menschliche Sehsystem verarbeiten und die Entfernung und Geschwindigkeit von sich bewegenden Objekten zwei- bis dreimal genauer erkennen können als Menschen.
Biolumineszierende Hautzellen, die die Noctilucase-Enzyme produzieren, strahlen Licht aus, wenn die Umgebungshelligkeit gering ist. Diese Zellen sind in Linien und Punktmustern gruppiert, die für jedes Individuum spezifisch sind, und diese Markierungen werden von Wissenschaftlern verwendet, um Individuen bei der Untersuchung von Gruppendynamik und sozialen Interaktionen zu identifizieren, wenn sie mit Photomultiplier-Kameras aufgezeichnet werden. Der emotionale Zustand der Na’vi beeinflusst die Stärke und bis zu einem gewissen Grad auch das Spektrum des von den Punkten ausgesandten Lichts, aber es ist nicht bekannt, ob die Na’vi dies als eine Form der Kommunikation bewusst steuern können.
Ein Na’vi-Clan, die Metkayina, besteht aus einer Unterspezies, die an eine aquatische Lebensweise angepasst ist. Ihre Haut hat einen grünlicheren Türkiston als die der landbewohnenden Na’vi und ist zur besseren Tarnung im Wasser stärker mit Streifen, Wirbeln und Flecken gesprenkelt. Die Augen sind blau bis grün, und die Ohren sind etwas kleiner.
Ihre Schwänze sind breiter und paddelartig, ohne Haare an der Spitze, und ihre Arme, Hände und Unterschenkel sind breiter, um das Schwimmen im Ozean zu erleichtern. Der Körper ist im Allgemeinen weniger schlank und muskulöser. Der Rumpf könnte breiter geworden sein, um größere Lungenflügel und/oder eine vergrößerte Milz zu beherbergen, da die Metkayina fähige und geübte Freitaucher sind.